Josselin BODILIS

Maître de Conférences HDR

Activités de recherche

Thématique générale :

L’ensemble de mes activités de recherche s’inscrit dans une démarche de microbiologie environnementale et évolutive, par une approche multidisciplinaire, intégrative et évolutive de la microbiologie.

Lors de ma thèse, j’ai étudié l’adaptation des bactéries à la rhizosphère des plantes. L’originalité de notre approche était de partir d’une anomalie observée lors d’une étude phylogénétique de la protéine majoritaire de surface des bactéries du genre Pseudomonas pour arriver à une compréhension sur le terrain de l’adaptation de ces bactéries à la rhizosphère des plantes. J’ai pu décliner cette approche évolutive de l’écologie microbienne (que l’on peut appeler « écologie inversée ») sur d’autres modèles en post-doctorat, notamment sur les sidérophores (chélateurs de fer chez les bactéries).

            Lors de mon début de carrière en tant que maître de conférences, j’ai pu développer des thématiques de recherche multidisciplinaires, notamment sur la dégradation des hydrocarbures par les bactéries. J’ai ensuite poursuivi ces approches multidisciplinaires sur l’étude de la dissémination dans l’environnement des gènes de résistance aux antibiotiques.

Enfin depuis 2018, je recentre mon activité de recherche sur l’étude du microbiote rhizosphérique, tout en gardant cette vision évolutive et multi-échelles (du gène à la communauté), dans un contexte résolument multidisciplinaire (biologie végétale, chimie, microbiologie et biologie évolutive).

Projet de recherche en cours :

Participation au projet BEER (Bactéries, Exsudats Et Rhizodépôts) : Apporter des éléments forts de compréhension sur les relations entre le système racinaire et les bactéries du microbiote rhizosphérique. Coordonné par le Dr Barbara Pawlak (Laboratoire GlycoMEV, Université de Rouen). Financement par la région Normandie (RIN tremplin).

Responsabilités scientifiques

Encadrements de thèse en cours :

Directeur de thèse (50%) de la thèse de doctorat d’Olwen Simenel. Sujet : Influence de la rhizosphère des plantes sur l’expression des pompes à efflux RND et l’émergence de la multi-résistance aux antibiotiques. La thèse est co-dirigée par Sylvie Nazareth (UMR5557, Lyon1). Financement : allocation d’établissement. Début de la thèse en octobre 2019 (soutenance prévue en décembre 2022).

Responsabilités administratives

- Référent Formation Tout au Long de la Vie (FTLV) auprès de l'UFR Sciences et Techniques et membre de l’équipe de direction de l’UFR ST [depuis septembre 2018]

- Membre élu du conseil de Département de Biologie [depuis mai 2021]

Responsabilités pédagogiques

Co-responsable de la licence 3 Biochimie, Biologie moléculaire et cellulaire et Phyiologie (B2MCP) et de la mention Sciences de la Vie (l’ensemble de la Licence SV) [depuis septembre 2018]

Co-responsable de la licence professionnelle Contrôle Agro-alimentaire et Biotechnologie [depuis septembre 2021]

Mots-clés recherche

Bactérie, Rhizosphère, Exsudats, Métagénomique